เมื่อวันที่ 22 ส.ค.ราชกิจจานุเบกษาเผยแพร่คำสั่งที่ 49/2559 เรื่อง มาตรการอุปถัมภ์และคุ้มครองศาสนาต่างๆในประเทศไทย โดยที่รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยเกือบทุกฉบับที่มีมาในอดีตและฉบับที่ได้รับความเห็นชอบ ในการออกเสียงประชามติ เมื่อวันที่ 7 ส.ค.2559 ซึ่งจะประกาศใช้เป็นกฎหมายสูงสุด ของประเทศในเร็วๆ นี้ ต่างบัญญัติรับรองว่า บุคคลย่อมมีเสรีภาพบริบูรณ์ในการนับถือศาสนาและมีเสรีภาพในการปฏิบัติหรือประกอบพิธีกรรมตามหลักศาสนาของตน
 
          ​ดังนั้น รัฐธรรมนูญจึงได้กําหนดแนวนโยบาย แห่งรัฐว่ารัฐพึงอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนาและศาสนาอื่น ซึ่งในประวัติการปกครองของประเทศไทย พระมหากษัตริย์และทางราชการได้อุปถัมภ์บํารุง และอารักขาคุ้มครองศาสนาพุทธ ศาสนาอิสลาม ศาสนาคริสต์ ศาสนาพราหมณ์ - ฮินดู และศาสนาซิกข์เสมอมา ประชาชนมีเสรีภาพในการนับถือ การปฏิบัติพิธีกรรม ตลอดจนการศึกษาและการเผยแผ่หลักธรรมคําสอนของทุกศาสนา การละเมิดศาสนวัตถุ ศาสนสถานอันเป็นการเหยียดหยามศาสนาของหมู่ชนใด การก่อความวุ่นวายในเวลามีพิธีกรรม และการแต่งกาย หรือใช้เครื่องหมายของศาสนบุคคล โดยมิชอบย่อมเป็นความผิดตามกฎหมาย แม้แต่การละเมิดจารีตประเพณี ทางศาสนาใดๆก็ถือว่าเป็นพฤติกรรมที่สังคมตําหนิติเตียน หากผู้กระทําเป็นเจ้าหน้าที่ของรัฐ ย่อมมีความผิดทางวินัย
 
          ​นอกจากนั้น ยังเป็นที่ยอมรับว่า ศาสนาทั้งหลายต่างก็มีอิทธิพลเกื้อกูลวัฒนธรรม และวิถีชีวิตของประชาชนชาวไทย แม้แต่บรรพชนไทยในอดีตที่มีส่วนในการรักษาเอกราชอธิปไตย และพัฒนาเศรษฐกิจ สังคม การเมือง การปกครอง ก็ประกอบด้วยศาสนิกชนที่แม้นับถือศาสนาต่างกัน แต่ก็ไม่มีปัญหาความแตกแยกเพราะมีจิตใจยึดมั่นในความเป็นชาติไทยร่วมกัน 

          ​อย่างไรก็ตามในขณะที่ประเทศชาติ กําลังต้องการความรู้รักสามัคคี ความปรองดอง และการปฏิรูปประเทศเพื่อไปสู่ความเจริญรุ่งเรือง ความสงบเรียบร้อย และความร่มเย็นเป็นสุข ส่วนศาสนาก็มีบทบาทสําคัญในการส่งเสริมคุณงามความดีและคุณธรรมที่ก่อให้เกิดความสงบร่มเย็น แต่กลับมีบางฝ่ายนําความแตกต่างอันเป็นปกติของสังคมที่มีความหลากหลายทางวัฒนธรรมมาขยายความ หรือบิดเบือนให้เป็นความขัดแย้งในหมู่ศาสนิกชนทั้งที่ศาสนาเป็นเรื่องละเอียดอ่อนเพราะเกี่ยวกับ ความเชื่อความศรัทธา ประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมของชนในชาติ จึงสมควรกําหนดมาตรการเพื่อประโยชน์ ในการปฏิรูป ความสมานฉันท์ของประชาชนในชาติ และการป้องกันการกระทําอันเป็นการบ่อนทําลาย ความสงบเรียบร้อยและความมั่นคงแห่งชาติ อาศัยอํานาจตามความในมาตรา 44 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช 2557 หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ โดยความเห็นชอบของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ จึงมีคําสั่ง ดังต่อไปนี้ 

          ​ข้อ 1.การอุปถัมภ์และคุ้มครองทุกศาสนาอันเป็นที่ยอมรับของทางราชการและประชาชนชาวไทย และการส่งเสริมศาสนิกชนทั้งหลายให้มีบทบาทในการพัฒนาประเทศ การสร้างความสามัคคีปรองดอง และการปฏิรูปประเทศโดยไม่ขัดต่อกฎหมายและหลักธรรมคําสอนทางศาสนาเป็นหน้าที่ของทุกหน่วยงานของรัฐ

          ​ข้อ 2.ในการอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนา โดยที่ประชาชนชาวไทยส่วนใหญ่ นับถือพระพุทธศาสนาตามแบบเถรวาทมาช้านานดังที่วัดวาอาราม พระภิกษุ การประกอบพิธีของทางราชการ บทสวดมนต์ การศึกษา การเผยแผ่ ตลอดจนการจัดการปกครองคณะสงฆ์ล้วนเป็นไปตามแบบเถรวาท มานานหลายศตวรรษ จึงให้หน่วยงานของรัฐส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษา และการเผยแผ่หลักธรรม คําสอนที่ถูกต้องตามแนวทางดังกล่าวเพื่อให้เกิดการพัฒนาจิตใจและปัญญา สอดคล้องกับความเลื่อมใสศรัทธา ของผู้ที่นับถือศาสนาตามแบบนั้น ๆ โดยไม่ขัดต่อกฎหมาย ในส่วนของการอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนาตามแบบมหายานไม่ว่าจะเป็นจีนนิกาย อนัมนิกายหรืออื่นใด ซึ่งได้รับการอุปถัมภ์คุ้มครองจากรัฐตลอดมา ให้หน่วยงานของรัฐส่งเสริมและสนับสนุน การศึกษาและการเผยแผ่หลักธรรมคําสอนที่ถูกต้องตามแนวทางดังกล่าว เพื่อให้เกิดการพัฒนาจิตใจและปัญญา สอดคล้องกับความเลื่อมใสศรัทธาของผู้ที่นับถือศาสนาตามแบบนั้นๆโดยไม่ขัดต่อกฎหมาย 

          ​ข้อ 3. ในการอุปถัมภ์และคุ้มครองศาสนาอื่น ได้แก่ ศาสนาอิสลาม ศาสนาคริสต์ ศาสนาพราหมณ์ - ฮินดู และศาสนาซิกข์ ซึ่งได้รับการคุ้มครองตามรัฐธรรมนูญและรัฐได้ให้การอุปถัมภ์ คุ้มครองตลอดมา ให้หน่วยงานของรัฐส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษา และการเผยแผ่หลักธรรมคําสอน ที่ถูกต้องตามแนวทางในแต่ละศาสนาดังกล่าวเพื่อให้เกิดการพัฒนาจิตใจและปัญญา สอดคล้องกับ ความเลื่อมใสศรัทธาของผู้ที่นับถือศาสนานั้น ๆ โดยไม่ขัดต่อกฎหมาย 

          ​ข้อ 4ให้สํานักเลขาธิการคณะรักษาความสงบแห่งชาติ กระทรวงวัฒนธรรม กระทรวงยุติธรรม กระทรวงมหาดไทย กระทรวงการต่างประเทศ กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา สํานักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ ศูนย์อํานวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) สํานักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ สถาบันการศึกษา ด้านศาสนา องค์กรปกครองคณะสงฆ์ องค์กรทางศาสนาต่าง ๆ ที่ทางราชการรับรอง ร่วมกันกําหนดมาตรการ และกลไกในการส่งเสริมความเข้าใจอันดีและความสมานฉันท์ของศาสนิกชนของทุกศาสนา การนําหลักธรรม คําสอนทางศาสนามาปรับใช้ในชีวิตประจําวันในด้านต่าง ๆ เพื่อประโยชน์ในการปฏิรูปประเทศ เช่น การนําปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียงมาใช้ การมีธรรมาภิบาล ความซื่อสัตย์สุจริต ความสามัคคีปรองดอง การสร้างสังคมสันติสุข และกําหนดมาตรการและกลไกในการป้องกันมิให้มีการบ่อนทําลายพระพุทธศาสนา และศาสนาอื่นดังกล่าวในข้อ 3 ตลอดจนการสร้างความรับรู้ความเข้าใจแก่ชาวต่างชาติเกี่ยวกับข้อพึงปฏิบัติ หรือละเว้นการปฏิบัติในเรื่องทางศาสนาต่าง ๆ ในประเทศไทย แล้วเสนอคณะรัฐมนตรีภายใน3เดือน

          ​ข้อ 5ให้สํานักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ และกรมการศาสนารายงานความก้าวหน้า ในการดําเนินการตามคําสั่งนี้ พร้อมทั้งปัญหาและอุปสรรค ตลอดจนแนวทางแก้ไขให้นายกรัฐมนตรีทราบ ทุก3เดือน 
          ​ข้อ 6.คำสั่งนี้ให้ใช้บังคับตั้งแต่วันประกาศในราชกิจจานุเบกษาเป็นต้นไป
 
สั่ง ณ วันที่ 22 สิงหาคม พุทธศักราช 2559  

พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา
หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ