จากสถานการณ์อุทกภัยในจังหวัดสงขลา กรมควบคุมมลพิษ โดยสำนักงานสิ่งแวดล้อมและควบคุมมลพิษที่ 16 เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2568 ได้เก็บตัวอย่างน้ำในทะเลสาบสงขลา และคลองสาขา ได้แก่ คลองอู่ตะเภา คลองแห และคลองในพื้นทีอำเภอระโนด จำนวนรวม 11 จุด ผลการตรวจวิเคราะห์คุณภาพน้ำจากห้องปฏิบัติการสิ่งแวดล้อม พบว่า
คุณภาพน้ำไม่เป็นไปตามมาตรฐานแหล่งน้ำผิวดินประเภทที่ 3 ในบางจุด โดยปัญหาหลัก ได้แก่ ออกซิเจนละลายน้ำต่ำ และความขุ่นสูง แอมโมเนียสูง และฟอสฟอรัสทั้งหมดสูง สอดคล้องกับปริมาณของเสีย น้ำเสียและขยะจำนวนมากถูกน้ำท่วมพัดพาลงสู่แหล่งน้ำ อย่างไรก็ตาม ไม่พบค่าของโลหะหนัก แอมโมเนีย และฟอสฟอรัสทั้งหมดที่เกินมาตรฐาน ขณะนี้ อยู่ระหว่างรอผลวิเคราะห์เพิ่มเติมจากห้องปฏิบัติการ ได้แก่ น้ำมันและไขมัน สารอินทรีย์ แบคทีเรียโคลิฟอร์ม ไนโตรเจนทั้งหมด และแบคทีเรียฟีคอลโคลิฟอร์ม
ทั้งนี้ คพ. จะมีการติดตามเฝ้าระวังต่อเนื่อง โดยคาดว่าเมื่อมีการรวบรวมขยะออกจากพื้นที่ และทำความสะอาดพื้นที่เสร็จสิ้น คุณภาพน้ำในภาพรวมจะค่อยๆ กลับสู่สภาพเดิมได้ อย่างไรก็ตาม จะพิจารณาแผนฟื้นฟูคุณภาพน้ำในจุดมีคุณภาพเสื่อมโทรมเพื่อเร่งฟื้นฟูคุณภาพน้ำให้มีประสิทธิภาพเพิ่มขึ้น